Применение семейного полного экзомного секвенирования при диагностике укорочения бедренной кости плода

CHEN Manqi ,  

HUANG Zewei ,  

XU Qi ,  

ZHANG Shuning ,  

CHEN Xiaojun ,  

YAN Haiyan ,  

LI Xiang ,  

FU Shuai ,  

摘要

Целью является повышение уровня диагностики генетических причин укорочения бедренной кости плода (FL) и изучение ценности комбинированного применения полного секвенирования экзома (WES) и выявления хромосомных аномалий в пренатальной диагностике. Были отобраны 27 плодов с укорочением бедренной кости в среднем и позднем сроке беременности [FL < 5-й перцентиль для соответствующего гестационного возраста или < -2 стандартных отклонения (SD)], обследованных в Центре пренатальной диагностики и медицинской генетики Центра госпиталя имени Сунь Ятсена в Шэньшане с ноября 2023 по май 2025 года. Были собраны образцы амниотической жидкости или пуповинной крови для проведения кариотипирования хромосом (19 случаев), анализа микрочипа хромосом (CMA) или низкоуровневого полного геномного секвенирования (CNV-seq) (27 случаев), а также тройного полного секвенирования экзома (Trio-WES) (27 случаев). Результаты анализировались с учетом руководств Американского общества медицинской генетики и геномики (ACMG). В результате в 17 из 27 плодов было выявлено 26 геномных вариантов, включая хромосомные численные аномалии (мозаицизм), варианты числа копий (CNV), однонуклеотидные варианты (SNV) и инделы (INDEL). Из них геномные варианты у 11 случаев объясняли фенотип укорочения бедренной кости, общая диагностическая эффективность составила 11/27, из которых 9 объяснялись патогенными/вероятно патогенными вариантами, 1 вариант имел неопределенное значение (VUS), а кариотипирование выявило хромосомную численную аномалию (мозаицизм) у 1 случая. Диагностическая эффективность CNV (CMA/CNV-seq) составила 2/27, WES — 10/27, с дополнительным увеличением диагностики на 8/27 в CNV-отрицательных или VUS-случаях. Выявленные варианты включали патогенные мутации в генах FGFR3, SHOX, DUOX2, CLCN5 и HBA1/HBA2. Вывод: Trio-WES значительно повышает уровень генетической диагностики укорочения бедренной кости плода, особенно в случаях, где стандартное хромосомное исследование не выявляет причины. Кариотипирование сохраняет способность обнаруживать хромосомные крупномасштабные аномалии с низким уровнем мозаицизма и эффективно дополняет WES и CNV-анализ. Рекомендуется применять поэтапную или параллельную стратегию генетического тестирования в пренатальной диагностике для оптимизации диагностической эффективности и клинической поддержки принятия решений.

关键词

полное экзомное секвенирование;варианты числа копий;укорочение бедренной кости;пренатальная диагностика;генетика

阅读全文